Năm 1987, rạn san hô và vùng biển xung quanh được chỉ định là Công viên biển Ningaloo.[1] Ngày 6 tháng 1 năm 2010, địa điểm này được liệt kê vào Danh sách Di sản Quốc gia Úc theo Đạo luật Bảo vệ Môi trường và Bảo tồn Đa dạng Sinh học năm 1999. Năm 2011, khu vực bờ biển và rạn san hô của Ningaloo được UNESCO công nhận là Di sản thế giới.

Đây là khu vực nổi tiếng với loài Cá mập voi kiếm ăn từ tháng 3 đến 6. Rạn san hô Ningaloo rất giàu có các loài san hô cùng nhiều sinh vật biển khác. Trong những tháng mùa đông, đây là một phần của tuyến di cư của Cá heo, Cá cúi, Cá đuối Manta và Cá voi lưng gù.[5] Các bãi biển là nơi sinh sản quan trọng của Rùa Quản Đồng, Đồi mồi dứa và Đồi mồi. Chúng cũng phụ thuộc vào rạn san hô như là nơi làm tổ và kiếm ăn. Rạn san hô là nhà của hơn 500 loài cá, 300 loài san hô, 600 loài động vật thân mềm cùng nhiều loài Động vật không xương sống biển khác.

Ở một số khu vực, rạn san hô nằm cách bờ chưa đầy nửa kilômét chẳng hạn như tại Vịnh San Hô.[6] Năm 2006, các nhà khoa học của Viện Khoa học Hàng hải Úc đã phát hiện ra những khu vườn Bọt biển ở vùng nước sâu hơn của công viên biển được cho là loài hoàn toàn mới đối với khoa học.[6] Những con Rắn biển mũi ngắn từng được nghĩ là đã tuyệt chủng cách đây 17 năm đã được tìm thấy tại vùng biển của rạn san hô vào năm 2015.[7]